Từ năm 1997, xã Đông Anh được chia thành 7 thôn như sau[2]:

• Thôn Yên Hòa (các tên cũ là xóm Nhân, đội 1, thôn 1, thôn Tuyên Hoá 1). Mã bưu chính: 445281
• Thôn Tuyên Hoá 2 (xóm Chính, đội 2, thôn 2). Mã bưu chính: 445282;
• Thôn Tuyên Hoá 3 (xóm Lợi, đội 3, thôn 3). Mã bưu chính: 445283
• Thôn Thanh Oai (xóm Thanh, đội 4, thôn 4). Mã bưu chính: 445284
• Thôn Viên Khê 1 (xóm Chùa, đội 5, thôn 5). Mã bưu chính: 445285
• Thôn Viên Khê 2 (xóm Quý, đội 6, thôn 6). Mã bưu chính: 445286
• Thôn Viên Khê 3 (xóm Thọ, đội 7, thôn 7). Mã bưu chính: 445287.

Từ năm 2018, các thôn được sáp nhập lại thành 4 thôn như sau:[3]

• Thôn 1: 341 hộ, 1.192 nhân khẩu, diện tích 82 ha (được sáp nhập từ thôn Yên Hoà và thôn Tuyên Hoá 2).
• Thôn 2: 280 hộ, 966 nhân khẩu, diện tích 74 ha (được sáp nhập từ thôn Tuyên Hoá 3 và thôn Thanh Oai).
• Thôn 3: 286 hộ, 1.044 nhân khẩu, diện tích 60,25 ha (được sáp nhập từ thôn Viên Khê 1 và thôn Viên Khê 2).
• Thôn 4: đổi tên từ thôn Viên Khê 3.